Le CRDLA Environnement est porté par l’Union nationale des CPIE qui en assure le pilotage général et en est le responsable administratif et financier.
Le CRDLA Environnement dispose d’un comité de pilotage, chargé notamment du suivi général administratif et financier de l’activité du centre de ressources. Il valide les programmes d’actions annuels.
Le CRDLA Environnement dispose d’un comité technique comprenant les principales associations employeuses de l’environnement : CLER – Réseau pour la transition énergétique, France Nature Environnement (FNE) et Union nationale des CPIE. Ces réseaux et fédérations représentent la majorité des associations employeuses ayant l’environnement comme objet principal.